Japarov dilahirkan di Keng-Suu, sebuah kampung di Daerah Tüp, Wilayah Issyk-Kul. Selepas menamatkan pendidikan sekolah menengahnya pada tahun 1986, beliau memasuki Akademi Budaya dan Sukan Fizikal Kebangsaan Kyrgyz. Pada tahun 1987, Japarov dikerah masuk Angkatan Darat Soviet, di mana beliau berkhidmat selama dua tahun di Novosibirsk sebagai komander di bahagian telekomunikasi. Dari tahun 1989 hingga 1991, Japarov menyambung pendidikannya di akademi tersebut. Pada tahun 2006, Japarov lulus daripada Universiti Slavik Kyrgyz-Rusia dengan ijazah sarjana muda dalam undang-undang.